org.emboss.jemboss.editor
Class Matrix

java.lang.Object
  |
  +--org.emboss.jemboss.editor.Matrix

public class Matrix
extends java.lang.Object


Field Summary
private  java.lang.String cons
           
private  int i
           
private  int idimension
           
private  int jdimension
           
private  int k
           
private  java.lang.Object[] keys
           
private  int[][] matrix
           
private  java.lang.String matrixFileName
           
private  java.lang.String matrixString
           
private  java.util.Hashtable residueMatrixPosition
           
 
Constructor Summary
Matrix(java.io.File matrixFile)
           
Matrix(java.lang.String matrixJar, java.lang.String matrixFileName)
           
 
Method Summary
 java.lang.String getCurrentMatrixName()
           
 int getIDimension()
           
 int getJDimension()
           
 java.lang.Object[] getKeyNames()
           
 java.lang.Object[] getKeys()
           
 int[][] getMatrix()
           
 int getMatrixIndex(java.lang.String s)
           
 java.lang.String getMatrixTable()
           
private  org.apache.regexp.RE getRegularExpression()
           
 java.util.Hashtable getResidueMatrixPosition()
           
private  void matrixLineCount(java.lang.String line, org.apache.regexp.RE regexp)
           
private  void matrixLineParse(java.lang.String line, org.apache.regexp.RE regexp)
           
private  int[][] matrixRead(java.io.File matrixFile)
           
private  int[][] matrixReadString(java.lang.String matrixString)
           
 
Methods inherited from class java.lang.Object
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 

Field Detail

matrix

private int[][] matrix

idimension

private int idimension

jdimension

private int jdimension

i

private int i

k

private int k

residueMatrixPosition

private java.util.Hashtable residueMatrixPosition

keys

private java.lang.Object[] keys

cons

private java.lang.String cons

matrixString

private java.lang.String matrixString

matrixFileName

private java.lang.String matrixFileName
Constructor Detail

Matrix

public Matrix(java.io.File matrixFile)

Matrix

public Matrix(java.lang.String matrixJar,
              java.lang.String matrixFileName)
Method Detail

getMatrix

public int[][] getMatrix()

getMatrixTable

public java.lang.String getMatrixTable()

getCurrentMatrixName

public java.lang.String getCurrentMatrixName()

getKeys

public java.lang.Object[] getKeys()

getKeyNames

public java.lang.Object[] getKeyNames()

getResidueMatrixPosition

public java.util.Hashtable getResidueMatrixPosition()

getMatrixIndex

public int getMatrixIndex(java.lang.String s)

getIDimension

public int getIDimension()

getJDimension

public int getJDimension()

getRegularExpression

private org.apache.regexp.RE getRegularExpression()

matrixLineCount

private void matrixLineCount(java.lang.String line,
                             org.apache.regexp.RE regexp)

matrixLineParse

private void matrixLineParse(java.lang.String line,
                             org.apache.regexp.RE regexp)

matrixRead

private int[][] matrixRead(java.io.File matrixFile)

matrixReadString

private int[][] matrixReadString(java.lang.String matrixString)