
seq1 = sample41-1c.fst, 284 bp
seq2 = sample40-2.fst (genome4), 770 bp

>mrna4c
>genome4

(complement)

1-72  (351-424)   89% ->
73-142  (563-630)   95% ==
213-284  (700-770)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 TTTTAGCCGGCACGAGATTG AGCGTATGATCACGCGCGCGGCCTCCT C
        ||||||||||||||||||||-||||-||||||||||||||||||||||-|
    351 TTTTAGCCGGCACGAGATTGCAGCG ATGATCACGCGCGCGGCCTCCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49 AGAGTGATGCATGATACAACTT AT          ATATGTACTTAGCTG
        -|||| ||||||||||||||||- |->>>...>>>|||||||||||||-|
    400  GAGTCATGCATGATACAACTTCTTGGTT...GATATATGTACTTAGC G

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88 GCAACCGAGATTTACTTTCGAAGCACTGTGATGAACCCGCGGCCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||-||||||||
    577 GCAACCGAGATTTACTTTCGAAGGACTGTGATGAACCCGCG CCCTTTGA

    150     .
    138 GCGCT
        |||||
    626 GCGCT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    213 TATATATGTACTTAGCGG ACACCGAGATTTACTTTCGAAGGACTGTGGA
        ||||||||||||||||||-|-|||||||||||||||||||||||||||-|
    700 TATATATGTACTTAGCGGCA ACCGAGATTTACTTTCGAAGGACTGTG A

     50     .    :    .    :
    262 TGAACCCGCGCCCTTTGAGCGCT
        |||||||||||||||||||||||
    748 TGAACCCGCGCCCTTTGAGCGCT

