Procesory adnotacji mogą generować dodatkowy kod Java lub inne pliki, a także znaczniki problemów oparte na adnotacjach Java 5 (JSR-175). Panel preferencji Przetwarzanie adnotacji umożliwia konfigurowanie preferencji, które będą obowiązywały dla wszystkich procesorów w projekcie lub obszarze roboczym. W okienku preferencji Ścieżka fabryki jest określone, które procesory są włączone i można skonfigurować poszczególne procesory. Ustawienia w okienku preferencji Ścieżka fabryki obowiązują tylko wówczas, gdy w okienku preferencji Przetwarzanie adnotacji jest włączone przetwarzanie adnotacji.
W okienku jest wyświetlona lista wszystkich wtyczek i plików JAR zawierających procesory adnotacji, które można zastosować do projektu. Pliki JAR można dodawać do listy i je usuwać, korzystając z odpowiednich przycisków. Pliki JAR można określić, naciskając przycisk Dodaj zewnętrzne pliki JAR... i podając ścieżkę bezwzględną lub naciskając przycisk Dodaj zmienną... i określając ścieżkę względną wobec zmiennej klasy ścieżki. Na liście są wyświetlane również wszystkie zainstalowane wtyczki, które rozszerzają punkt rozszerzenia org.eclipse.jdt.apt.annotationProcessorFactory.
Aby włączyć konkretną wtyczkę lub plik JAR, zaznacz odpowiednie pole wyboru na liście. Procesory w niezaznaczonych wtyczkach i plikach JAR nie będą wykonywane. Jeśli więcej niż jeden procesor zajmuje tę samą adnotację, otrzyma ją tylko pierwszy na liście. Kolejność na liście można zmienić, korzystając z przycisków W górę i W dół.
Przycisk Zaawansowane... umożliwia otwarcie okna dialogowego Zaawansowane opcje ścieżki fabryki, które służy do oglądania poszczególnych fabryk procesorów we wtyczce lub pliku JAR oraz konfigurowania dodatkowych opcji.