A Projektböngészőben megjelenő tartalmat szűrni is lehet, így az éppen lényegtelen projektek, mappák és fájlok elrejthetők.
A szűrés be- és kikapcsolásához kattintson a Szűrők gombra a nézet jobb felső oldalán található legördülő menüben, ami megnyitja a Általános navigátor szűrők kiválasztása ablakot. Ebben az ablakban található meg a rendelkezésre álló szűrők listája.
Az Általános navigátor szűrők kiválasztása lapon jelölje ki a használni kívánt szűrők jelölőnégyzetét. Ha például a Lezárt projektek szűrő aktív, akkor a lezárt projektek nem jelennek meg a Projektböngésző nézetben. Más szűrők üres csomagokat, nem Java fájlokat és a ".class" fájlokat rejtik el.
Az Elérhető bővítmények és szűrők oldalon a szűrők pont ellentétesen működnek: a kiválasztott jelölőnégyzetek azt határozzák meg, hogy mely projektek, mappák és fájlok látszanak a Projektböngésző nézetben. Ha például a J2EE telepítési leírók melletti jelölőnégyzetet törli, akkor a projektek telepítési leírói nem fognak látszani a nézetben.