Mivel az Eclipse CVS bedolgozó a meta információkat a parancssori CVS ügyféllel kompatibilis formátumban tárolja, így használhatja a CVS parancssori ügyfelet a lemezen található Eclipse munkaterület fájlokhoz. A metaadatok a CVS/ alkönyvtárakban kerülnek tárolásra, de ezek ritkán jelennek meg az Eclipse termékben. A könyvtárak privát könyvtárnak vannak megjelölve, így el vannak rejtve a nézetből. Ha megnyit egy (nem Eclipse) fájlkezelőt, akkor látni fogja ezeket a könyvtárakat és a könyvtárak tartalmát a fájlrendszeren.
Ha külső eszközökkel módosítja a munkaterület fájlokat, akkor egy Frissítést kell végrehajtania az Eclipse platformon belül, hogy a munkaterület tisztában legyen a módosításokkal. Ha az erőforrás nincs szinkronban hibát kapja az Eclipse-ben, akkor ez azt jelzi, hogy egyes erőforrások az Eclipse-n kívül kerültek módosításra. Az egyik megoldás egy frissítés végrehajtása (az erőforrás előugró menüjéből érhető el) az összes olyan erőforráson vagy projekten, amely az Eclipse-en kívül került módosításra. Van egy olyan beállítás is, amellyel automatikus frissítést végezhet.
1. Törölt mappák
Nem várt viselkedést tapasztalhat ha a parancssori CVS ügyfelet törölt mappákkal használja. Az Eclipse CVS támogatása nyomon követi a törölt mappákat és azok tartalmát, és a következő szinkronizáláskor a Szinkronizálás nézet képes megfelelően jelenteni a módosításokat. Ezek az információk a CVS metamappa szerkezeten kívül kerülnek megőrzésre. Ennek az az oka, hogy a CVS-ben a lerakatot a törlésekről általában a helyi törlés előtt értesíti, ami nem az a munkafolyamat, amelyet a Szinkronizálás nézetben támogatni szeretnénk. Ezért nem ajánlott a parancssori CVS ügyfél használata addig, amíg véglegesítendő függő törlései vannak. Emiatt bizonyos körülmények között a Szinkronizálás nézet helytelen tartalmat jeleníthet meg, bár nem okoz adatvesztést.
2. CVS könyvtárak jelennek meg a munkaterületen
A parancssori CVS használatakor néha CVS mappák jelenhetnek meg a navigációs nézetekben. Vannak olyan esetek, amikor a CVS mappákat nem a várt módon rejti el a felhasználói felület. A CVS mappák megjelennek például akkor is, ha a felhasználó a CVS bedolgozó betöltése előtt egy CVS projektet importál az Eclipse-be. Az ilyen jelenségek elkerülése érdekében a CVS projektek Eclipse-be importálása előtt nyissa meg a CVS lerakatok nézetet (azaz töltse be a CVS bedolgozót).
3. Az 'extssh' kapcsolat metódus
Az extssh kapcsolat metódus egyedi az Eclipse CVS-ben, és nem létezik a parancssori CVS ügyfélben. Ha extssh metódussal csatlakozik egy SSH2 lerakathoz és egyes CVS műveletekhez parancssori ügyfelet szeretne használni, akkor beállíthatja az ext kapcsolati metódust az extssh használatára az Eclipse-en belül.
CVS lerakatok hely tulajdonságainak módosítása
CVS lerakathely létrehozása
Más CVS eszközzel kiiktatott projektek használata