Los proyectos Web contienen todos los recursos Web creados y utilizados al desarrollar la aplicación Web. El primer paso para crear o importar una aplicación Web consiste en crear un proyecto Web estático o dinámico. Los proyectos Web estáticos están pensados para contener solamente recursos simples de sitio Web, como por ejemplo archivos HTML. Los proyectos Web dinámicos se utilizan para estructurar aplicaciones Web que utilizarán tecnologías Web dinámicas más complicadas, como por ejemplo archivos de JavaServer Pages y posiblemente recursos de acceso a datos.
Aunque el proyecto Web está estructurado en el sistema de archivos de acuerdo con el estándar de aplicaciones Web J2EE a efectos de despliegue, la vista Explorador de proyectos está diseñada para mostrar la visualización más cómoda de los recursos del proyecto que se utilizan cuando se está desarrollando la aplicación Web. Cuando se termina de desarrollar la aplicación Web, se utiliza el proyecto Web para desplegar los recursos correctos en el servidor. Estos recursos se empaquetarán en un archivo denominado archivo WAR (Web Archive).