En un proyecto Java habilitado para SQLJ, la depuración se realiza del mismo modo que en un proyecto Java normal.
Para realizar la depuración directamente desde un archivo SQLJ, la preferencia Habilitar depuración desde el archivo SQLJ debe estar habilitada en las preferencias de SQLJ. Por omisión, esta preferencia está habilitada. Si esta preferencia no está habilitada, los puntos de interrupción que establezca en un archivo SQLJ no funcionarán porque la depuración se produce en los archivos Java que genera el conversor de SQLJ. Debe volver a compilar un proyecto para que los cambios en esta preferencia surtan efecto.