Você depura um projeto Java ativado por SQLJ da mesma forma que depura um projeto Java comum.
Para depurar diretamente de um arquivo SQLJ, a preferência Ativar Depuração a partir do Arquivo SQLJ deve estar ativada nas preferências SQLJ. Por padrão, esta preferência é ativada. Se esta preferência não estiver ativada, os pontos de interrupção configurados em um arquivo SQLJ não funcionarão, porque a depuração ocorre nos arquivos Java gerados pelo conversor SQLJ. É necessário reconstruir um projeto para que uma alteração nesta preferência seja efetivada.