Quando si include più di un nodo nel flusso di messaggi, è necessario connettere i nodi per indicare come il flusso di controllo passi dall'input all'output. I nodi possono essere nodi integrati, nodi definiti dall'utente o nodi di flussi secondari.
Il flusso di messaggi contiene solo un nodo MQInput, un nodo Compute e un nodo MQOutput. O potrebbe coinvolgere un numero maggiore di nodi e forse i flussi di messaggi integrati, che forniscono diversi percorsi su cui può spostarsi un messaggio a seconda del relativo contenuto. Potrebbero essere incluse nel flusso anche delle routine di elaborazione degli errori. Si potrebbe avere bisogno anche di controllare l'ordine dell'elaborazione.
E' possibile collegare un singolo terminale di output di un nodo al terminale di input di più di un nodo (altrimenti noto come fan-out). Così facendo, lo stesso messaggio viene trasmesso a tutti i nodi di destinazione, ma non si ha controllo sull'ordine in cui vengono eseguiti i percorsi successivi attraverso il flusso di messaggi (tranne che con il nodo FlowOrder).
E' possibile anche connettere il terminale di output di diversi nodi al terminale di input di un singolo nodo (altrimenti noto come fan-in). Di nuovo, non è garantito alcun ordine per i messaggi ricevuti dal nodo di destinazione.
Una volta completata una connessione, questa viene visualizzata come riga nera e disegnata il più possibile come una linea retta tra i terminali connessi. Questo può fare sì che la connessione venga trasmessa attraverso altri nodi. Per evitare ciò, è possibile aggiungere bend point alla connessione.
Se si definisce un flusso di messaggi complesso, potrebbe essere necessario creare un numero elevato di connessioni. Il principio è lo stesso per ogni connessione. Si creano connessioni utilizzando il mouse, o utilizzando la finestra di dialogo Selezione terminale. Consultare Creazione di connessioni nodo con il mouse e Creazione connessioni nodo con finestra di dialogo Selezione terminale per ulteriori informazioni.