Nelle distribuzioni Internet, la protezione dei messaggi basata su crittografia migliora la sicurezza impedendo manomissioni da parte di hacker. I servizi di autenticazione forniti da WebSphere Message Broker assicurano che solo i legittimi client e server di broker di eventi possano collegarsi uno con l'altro. Tuttavia, un hacker potrebbe essere comunque in grado di osservare i messaggi in transito o eseguire delle manomissioni sulle connessioni stabilite. La protezione dei messaggi fornisce sicurezza nei confronti di questi tipi di attacchi.
La protezione dei messaggi utilizza tempo del processore e può rallentare la velocità di trasmissione dei dati del sistema. Tuttavia, non tutti i messaggi sono ugualmente sensibili, cosicché la protezione dei messaggi è configurabile su basi per argomento, in modo da ottenere protezione solo dove necessario. Alcuni messaggi potrebbero non richiedere alcuna protezione, altri potrebbero ottenere l'integrità dei canali (rendendo possibile agli hacker inserire o eliminare messaggi non rilevati), l'integrità dei messaggi (rendendo possibile agli hacker modificare i messaggi non rilevati) oppure la privacy dei messaggi (rendendo possibile agli hacker osservare il contenuto dei messaggi). I livelli di protezione sono cumulativi. Ad esempio, se si richiede la privacy dei messaggi si ottiene anche l'integrità dei messaggi e dei canali. Se si richiede l'integrità dei messaggi si ottiene anche l'integrità dei canali. I livelli di protezione più elevati consumano maggiori risorse dei livelli più bassi.
E' possibile inoltre impostare la protezione dei messaggi su argomenti di sistema interni. A differenza degli argomenti degli utenti, questi devono essere abilitati su tutti gli argomenti o su nessuno.