Il ruolo dell'amministratore di sistema WebSphere Message Broker include la personalizzazione e la configurazione, l'esecuzione delle utility, la risoluzione dei problemi e la raccolta del materiale di diagnostica. Le persone coinvolte in tali attività necessitano delle autorizzazioni WebSphere Message Broker. Per lavorare correttamente, è necessario eseguire l'impostazione della sicurezza per WebSphere Message Broker. Un'altra impostazione della sicurezza che viene generalmente adottata è, ad esempio, la protezione delle code rispetto ad un uso non autorizzato.