In alcuni punti,le istruzioni per la migrazione da WebSphere Business Integration Message Broker Versione 5.0 a WebSphere Message Broker Versione 6.0 forniscono informazioni relative ai tipi di file per cui sono valide le istruzioni. In WebSphere Message Broker esistono alcuni tipi di file che non esistono in WebSphere Event Broker, quindi ignorare quelli specifici di WebSphere Message Broker.
Ad esempio, se nelle istruzioni viene richiesto di effettuare un'azione sui file del flusso di messaggi, sui file di definizione della serie di messaggi, sui file ESQL, sui file di mappatura, sui file dello schema XML e sui file bar (broker archive), è necessario effettuare l'azione solo sui file del flusso di messaggi e sui file bar, perché gli altri tipi di file sono validi solo in WebSphere Message Broker.