I domini di messaggi JMS includono tutti i messaggi prodotti dall'implementazione WebSphere MQ dello standard dell'API JMS (Java Message Service).
Questi messaggi, che hanno un tipo di messaggio JMSMap o JMSStream, sono supportati allo stesso modo dei messaggi nel dominio XML e sono analizzati dal programma di analisi XML (non c'è un programma di analisi JMS).
Le applicazioni possono scambiare i messaggi JMS con il broker in due modi:
Un messaggio a definizione automatica può essere gestito da ogni nodo integrato. L'intero messaggio può essere memorizzato in un database e le intestazioni possono essere aggiunte o rimosse dal messaggio mentre questo attraversa il flusso di messaggi.
Quando si include un nodo di input, è possibile specificare il dominio a cui appartiene il messaggio come una proprietà del nodo. E' possibile scegliere tra i valori JMSMap e JMSStream. I messaggi in questi domini sono trasmessi al programma di analisi XML dal nodo di input.