Quando si include più di un nodo nel flusso di messaggi, è necessario connettere i nodi per indicare come il flusso di controllo passi dall'input all'output. I nodi possono essere nodi integrati, nodi definiti dall'utente, o nodi di flussi secondari.
Il flusso di messaggi contiene solo un nodo MQInput, e un nodo MQOutput. O potrebbe coinvolgere un numero maggiore di nodi e forse i flussi di messaggi integrati, che forniscono diversi percorsi su cui può spostarsi un messaggio a seconda del relativo contenuto.
Una volta completata una connessione, questa viene visualizzata come riga nera e disegnata il più possibile come una linea retta tra i terminali connessi. Questo può fare sì che la connessione venga trasmessa attraverso altri nodi. Per evitare ciò, è possibile aggiungere bend point alla connessione.
Se si definisce un flusso di messaggi complesso, potrebbe essere necessario creare un numero elevato di connessioni. Il principio è lo stesso per ogni connessione. Si creano connessioni utilizzando il mouse, o utilizzando la finestra di dialogo Selezione terminale. Consultare Creazione di connessioni nodo con il mouse e Creazione connessioni nodo con finestra di dialogo Selezione terminale per ulteriori informazioni.