Los sistemas de control de bibliotecas que se conectan a Eclipse como, por ejemplo, IBM® Rational ClearCase, proporcionan la mejor integración en IBM Data Studio. Sin embargo, dado que IBM Data Studio almacena todas sus carpetas y archivos de datos en sistemas de archivos locales, también puede utilizar sistemas de control de bibliotecas que no se integren con Eclipse para gestionar su registro de cambios de base de datos. Puede representar los cambios como versiones de su Proyecto de diseño de datos que comprueba en su sistema de control de bibliotecas.