Cada directorio de bahía de almacenamiento y de bahía de retorno contiene dos subdirectorios, incoming y outgoing, que contienen los paquetes y los archivos de orden de envío correspondientes. Las operaciones de envío buscan paquetes en estos directorios.
Cuando instala Rational Shipping Server en un host, se crea la clase de almacenamiento –default, junto con sus bahías de almacenamiento y retorno. La bahía de almacenamiento se denomina ms_ship y la bahía de retorno se denomina ms_rtn. También se crean los directorios incoming y outgoing en cada bahía. Cuando utiliza el Panel de control MultiSite (Windows) para crear una nueva bahía de almacenamiento o de retorno, se crean la bahía y sus subdirectorios. En Linux y el sistema UNIX, debe crear las bahías y los subdirectorios incoming y outgoing y, a continuación, especificar las bahías en el archivo shipping.conf.