CM Server es una aplicación J2EE que se ejecuta en un proceso de Java WebSphere Application Server. Los servidores RPC de ClearCase y ClearQuest deben estar en la misma máquina que WebSphere Application Server. Puede intalar los servidores ClearCase tradicionales (VOB y servidores de registro) y los servidores de bases de datos de ClearQuest en otro host pero Rational ClearCase y Rational ClearQuest deben estar instalados en todas las máquinas en las que se ejecutan los servidores RPC. Tal vez sea necesario que algunos sitios accedan a CM Server con un proxy o mediante la redirección desde otro servidor WAN (por ejemplo, si CM Server se despliega en un entorno distribuido o en otro entorno donde hay más de una máquina servidor).
Hay diferencias entre instalar CM Server en una instancia de WebSphere Application Server existente y crear una nueva instancia de WebSphere Application Server durante la instalación.