Per utilizzare il programma di utilità GSKit (Global Security Kit) iKeyMan, che consente di creare un database di chiavi per memorizzare le certificazioni SSL, impostare la variabile di ambiente JAVA_HOME in modo che indichi la directory dove è installato il JRE (Java runtime environment) nel computer amministrativo. È necessario utilizzare il JRE fornito da ClearQuest. Per impostazione predefinita, la procedura di installazione di Rational ClearQuest installa il JRE nella directory \Program Files\Rational\Common\Java\jre.
Altrimenti, è possibile impostare temporaneamente la variabile di ambiente JAVA_HOME in una finestra del prompt dei comandi Windows. È quindi possibile eseguire GSKit iKeyMan dalla finestra del prompt dei comandi.