Per impostazione predefinita, l'installazione di Rational ClearCase Client per Visual Studio .NET e Rational ClearQuest Client per Visual Studio .NET sostituisce le parti della GUI (graphical user interface) di Microsoft Visual Studio con le funzioni di gestione delle modifiche Rational, fornendo un accesso più diretto alla funzionalità di Rational ClearCase Client e Rational ClearCase Client. Ad esempio, facendo clic con il tasto destro del mouse sull'elemento sotto il controllo origine si visualizzano i comandi di Rational ClearCase sul menu a comparsa. È possibile modificare le opzioni di integrazione sulla pagina delle opzioni di Rational ClearCase.