Lo spazio di lavoro organizza gli elementi secondo una struttura gerarchica in cui è possibile navigare come serie di cartelle nidificate. Questa gerarchia richiama quella di Esplora risorse di Windows dove è possibile espandere o comprimere le cartelle per rivelare il contenuto dei vari livelli.
È possibile identificare query individuali, grafici e report utilizzando le informazioni del nome del percorso per tale elemento. Il nome percorso per un elemento è composto dai nomi delle cartelle che lo contengono. I nomi delle cartelle sono separati da un carattere barra (/). Ad esempio, il nome percorso di una query denominata Tutti i difetti e ubicata nella cartella Public Queries potrebbe avere come nome del percorso Public Queries/All Defects.
È possibile creare cartelle nidificate utilizzando in modo esplicito CreateWorkspaceFolder o in modo implicito quando si salva una query. Il metodo SaveQueryDef consente di specificare le informazioni relative al nome percorso per una query. Se nel nome percorso non esistono le cartelle IBM Rational ClearQuest le crea (a meno che esse non si trovino in una cartella al livello superiore). IBM Rational ClearQuest non consente di creare cartelle a livello superiore; è necessario che tutti gli elementi vengano nidificati all'interno o delle cartelle Public Queries o delle cartelle Personal Queries.