CM Server ist eine J2EE-Anwendung, die in einem Java™-Prozess von WebSphere Application Server ausgeführt wird. Der ClearCase- und der ClearQuest-RPC-Server müssen auf derselben Maschine installiert sein wie WebSphere Application Server. Sie können die traditionellen ClearCase-Server (VOB- und Registry-Server) und die ClearQuest-Datenbankserver auf einem anderen Host implementieren, aber Rational ClearCase und Rational ClearQuest müssen auf allen Maschinen installiert sein, auf denen RPC-Server ausgeführt werden. Bei bestimmten Sites muss der Zugriff auf CM Server möglicherweise per Proxy oder durch Umleitung von einem anderen WAN-Server erfolgen (beispielsweise wenn CM Server in einer verteilten Umgebung oder in einer anderen Umgebung mit mehreren Servermaschinen implementiert wird.)
Es gibt Unterschiede zwischen der Installation von CM Server in einer vorhandenen Instanz von WebSphere Application Server und der Erstellung einer neuen Instanz von WebSphere Application Server während der Installation.