É possível usar o licenciamento do Rational Common Licensing (desenvolvido com software FLEXlm) ou do ClearCase Atria. Durante a instalação, é possível escolher apenas um: o licenciamento do Rational Common Licensing ou do ClearCase Atria. É possível alternar dinamicamente modos de licença após a instalação.
O benefício de usar o Rational Common Licensing é que é possível ter um único Rational License Key Server gerenciando seu Rational ClearCase, IBM Rational ClearQuest e outras chaves de licença do produto IBM Rational utilizando o Rational Common Licensing.
IBM Rational License Key Center mostra dois tipos de chaves de licença para o IBM Rational ClearCase: chaves "clássicas" do Rational ClearCase e chaves do Rational ClearCase baseadas no software FLEXlm. O termo licença "clássica" do Rational ClearCase refere-se ao licenciamento do ClearCase Atria.