Verbindlichkeiten können vollständig oder teilweise storniert werden. Beispielsweise ist es möglich, eine fälschlicherweise an einen Leistungsempfänger ausgegebene Verbindlichkeitsanweisung zu stornieren, sodass der Leistungsempfänger den gesamten Betrag der geschuldeten Verbindlichkeit nicht mehr zu tragen hat. Alternativ dazu kann ein Teil einer Verbindlichkeit storniert werden, z. B. ein Verbindlichkeitsanweisungsposten als Teil einer Verbindlichkeitsanweisung. In diesem Fall muss der Leistungsempfänger nicht mehr für den stornierten Posten aufkommen, er ist jedoch weiterhin für den offenen Betrag aus der Verbindlichkeitsanweisung zuständig.
Beim Stornieren eines Verbindlichkeitsanweisungspostens wird der Betrag der Verbindlichkeit nicht aus dem System gelöscht, sondern annulliert. Dies geschieht aus Gründen der Rechenschaftspflicht und der Rückverfolgbarkeit. Ein neuer Stornierungsanweisungsposten zum Ausgleich des Betrags des Verbindlichkeitsanweisungspostens wird erstellt. Der Stornierungsanweisungsposten wird automatisch dem Verbindlichkeitsanweisungsposten zugeteilt. Dadurch wird der offene Betrag des Verbindlichkeitsanweisungspostens auf Null gesetzt. Der Stornierungsanweisungsposten wird in eine Stornierungsanweisung aufgenommen.
Wenn vor der Stornierung bereits eine Zuteilung in Bezug auf den Verbindlichkeitsanweisungsposten erfolgte, wird diese Zuteilung wieder verfügbar gemacht und kann zum Ausgleich anderer offener Verbindlichkeiten verwendet werden. Um dies zu ermöglichen, werden vom System für alle Zuteilungen automatisch die entsprechenden Stornierungsposten erstellt, die dann zu einer Stornierungsanweisung zusammengefasst werden. Diese Stornierungsanweisungsposten können beliebigen sonstigen Verbindlichkeiten des Leistungsempfängers zugeteilt werden.