Une ligne d'instruction de dette peut être annulée de façon à ce que le titulaire ne soit plus redevable du montant de la dette. Par exemple, si un employeur est facturé de manière incorrecte, la ligne d'instruction de dette incorrecte peut être annulée de façon à ce que l'employeur ne doive plus le montant de la dette.
Lorsqu'une dette est annulée, le montant de la dette est seulement annulé sur le plan comptable, mais non supprimé du système. Il en est ainsi à des fins de responsabilité et de traçabilité. Une ligne d'instruction de contre-passation est créée pour chaque ligne d'instruction qui figurait dans la dette.
Dans un environnement financier intégré, l'annulation d'une dette suit la même procédure que celle décrite plus haut pour l'annulation d'un paiement.
Si des affectations ont été effectuées sur la ligne d'instruction de dette avant qu'elle ne soit annulée, il est de la responsabilité du système financier de planification des ressources de l'entreprise de veiller à ce que ces affectations soient rendues de nouveau disponibles pour être appliquées à d'autres dettes en attente.