Apporter des modifications à la configuration d'un environnement de production est souvent considéré comme une activité à haut risque. CTM inclut une fonctionnalité d'annulation permettant d'atténuer ce risque. La fonctionnalité d'annulation permet à un utilisateur de rétablir la configuration du système à l'état auquel elle se trouvait avant d'appliquer l'ensemble de modifications. Au moment d'appliquer un ensemble de modifications, un ensemble de modifications de rétablissement est automatiquement créé par le système. Cet ensemble contient un instantané de l'objet métier avant d'appliquer l'ensemble de modifications. Une fois qu'il applique un ensemble de modifications, l'utilisateur peut sélectionner l'opération d'annulation pour l'ensemble, ce qui entraîne le rétablissement de la configuration initiale du système en appliquant le contenu de l'ensemble de modifications de rétablissement.
Cependant, il convient de garder à l'esprit que l'option d'annulation n'est utile que pour un laps de temps limité. Une fois que l'application commence à utiliser les données de configuration, les données d'exécution sont créées en fonction du dernier ensemble de données de configuration. A ce stade, pour rétablir une configuration précédente, les données d'exécution doivent également être annulées et dans ce cas, une restauration de la base de données est nécessaire afin que les données de configuration et d'exécution ne soient pas désynchronisées.