L'infrastructure système est composée d'une série de systèmes parmi lesquels les données peuvent être transportés via CTM. L'une des principales tâches à effectuer avant de configurer et d'utiliser CTM est la définition de la structure initiale de l'infrastructure système. En effet, les systèmes contenus dans l'infrastructure, le rôle de chaque système (par exemple, développement, test, production) et les voies de transport entre les systèmes doivent être déterminés.