Um pagamento emitido com erro pode ser cancelado. O cancelamento de um pagamento indica que um pagamento não foi recebido. Por exemplo, um pagamento poderá ser cancelado, se um participante relatar que um cheque foi perdido no correio. Um pagamento é cancelado no nível de instrução de pagamento. Quando uma instrução de pagamento for cancelada, o status da instrução de pagamento será alterado de "emitido" para "cancelado". Todos os itens de linha de instrução dentro da instrução de pagamento também serão cancelados e seu status será alterado de "processado" para "cancelado".
Um pagamento também pode ser cancelado porque a conta bancária foi encerrada ou um erro nos detalhes do instrumento pode requerer o cancelamento do pagamento. Quando um pagamento for cancelado, o motivo do cancelamento do pagamento será registrado. No cancelamento, a instrução de pagamento é negada, em vez de ser excluída do sistema. Isto é para propósitos de contabilidade e rastreabilidade. Uma nova instrução de estorno é criada para cancelar a quantia da instrução de pagamento. Um item de linha de instrução de estorno também é criado para cada item de linha de instrução que foi acumulado na instrução de pagamento.
Qualquer pagamento que foi cancelado pode ser emitido novamente para o designado original ou para um designado alternativo. Por exemplo, um pagamento em cheque que foi perdido pode ser emitido novamente para o designado original. Os pagamentos podem ser emitidos novamente ao usar qualquer um dos padrões de entrega ativa do nomeado. Por exemplo, um pagamento original emitido mensalmente em cheque pode ser emitido de novo diariamente em dinheiro.
Quando um pagamento for emitido novamente, nova instrução de pagamento e itens de linha de pagamento serão criados. A instrução de pagamento cancelado e seus itens de linha de instrução têm um status de "cancelado". A nova instrução de pagamento tem um status de "emitido", e os novos itens de linha de instrução de pagamento têm um status de "processado". Um pagamento pode ser emitido novamente durante o processo de cancelamento ou após a instrução de pagamento ter sido cancelada.