通过处理二级财务组件，会针对所有的三个扣除类别（已应用、未应用和第三方）生成财务指令行项。二级财务组件是作为“生成财务行项”批处理过程的一部分进行处理。在生成所有付款指令行项之后，例如，在处理主要财务组件之后，会发生此情况。会对照在系统管理过程中配置的设置检查扣除的金额。根据此比较，系统会确定是否已处理二级财务组件。
例如，在处理二级财务组件之前，系统会确定付款金额中是否存在充足资金来涵盖扣除金额。所有扣除都具有一个设置，该设置用于确定当存在的资金不足而无法用来处理全额扣除额时要执行的操作。根据此设置，可能会对照所提供金额处理扣除的一部分，也可能根本无法处理该扣除。
可由组织按重要性顺序确定扣除的优先顺序。例如，处理用来支付住房开销的扣除可能比用来偿还欠组织的债务的扣除更为重要。根据其优先级，会将每项扣除应用于为候选人（该人员接收津贴支付）计算的可扣除总金额。对于每项已处理的所应用、单独或公用事业付款扣除，会创建两个行项记录。其中第一个行项是对照津贴的支出。如下面部分中所述，根据其类型，会对照债务应用第二个行项，将第二个行项存储在系统上或对照公用事业使用第二个行项进行付款。
还可进行配置，使代理能够定义是否允许重复扣除。如果已将扣除配置为禁止重复扣除，那么将显示一个验证：用户是否尝试激活重复时间段内案例中已存在的扣除。可为所有类别的扣除（已应用扣除、未应用扣除和第三方扣除）配置此选项。
创建的这两个指令行项通过由系统自动创建的关系记录来彼此相关。这允许向案例提名（从其付款进行了扣除）提供向后可跟踪性。例如，当向公用事业发放批量付款（请参阅下面的内容）时，对于案例提名，该付款中的每个行项都将可向后跟踪。